首先在于它是一個有別于主板、中小板和創業板的新資本市場，即新市場。
新三板屬于我國多層次資本市場體系中的一部分，它的開辦是為了滿足高新技術型中小企業的融資需求，讓那些暫時達不到上市標準，但是有發展潛力、符合國家產業政策的創新型中小企業能夠在這個市場上流通股份，實現融資。
其次，新三板作為一個立足于服務中小型企業的資本市場，進入的條件是特別的，即具有新門檻。
比如，目前進入新三板市場的都是國家級高新技術園區的非上市股份有限公司，并且需要滿足成立滿兩年、由主辦券商推薦掛牌、主背業務突出、具有持續經營能力等條件。這些進入條件在一些方面是上市公司所不需要的，另一些方面又不必達到上市公司那么嚴格的要求，總之是有特點的新門檻。
再次，在新三板進行投資的主體有別于主板市場，即新三板擁有新投資者。
根據《證券公司代辦股份轉讓系統中關村科技園區非上市股份有限公司股份報價轉讓試點辦法(暫行)》的要求，目前能夠在新三板市場交易的主要是機構投資者，包括法人、信托、合伙企業等，一般的自然人還不允許參與。當然，一些特別的自然人，例如公司掛牌前的自然人股東、通過定向增資或股權激勵持有公司股份的自然人股東，可以買賣其持股公司的股份，但不能參與其他掛牌公司股份的買賣。
最后，在交易規則方面.新三板有其新規范。
例如3萬股的最低交易額度要求、股東分類限售制度等等。而隨著新三板的成熟，做市商制度、轉板制度等，也都將納入新三板的交易規則之中。
總而言之，新三板的特性是與其市場定位密切相關的，它體現了發展場外交易市場和鼓勵高新技術企業的雙重政策導向，是三板市場的一次成功擴容。
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