(1)市場組織管理體制的弊端不利于銀行間市場的長遠發展。

　　(2)銀行間市場缺乏有效的政策及政策合力的扶持。目前，相對于資本市場而言，中國貨幣市場的發展明顯受到了忽視，資本市場超前于貨幣市場而得到了快速的發展，貨幣市場的發展滯后已越來越制約宏觀金融調控效率的提高，從而間接影響到國民經濟的協調發展。銀行間市場組建后，盡管各部門對銀行間市場的發展都給予了高度的關注，但在扶持和推動銀行間市場的繁榮和發展上，卻普遍缺乏有效、連續和實質性的政策及其政策合力的扶持。正是由于許多部門在制定政策時只注重了銀行間市場的債券發行和財政融資功能，導致商業銀行通過市場進行流通性管理和市場經濟條件下宏觀金融政策調控高效傳導的政策功能減弱。

　　(3)銀行間市場進入限制。2002年以前，銀行間市場禁止證券機構進入，使得這一市場的交易主體單一。而商業銀行的交易動機不足，因而限制了這一市場的活躍。

　　(4)二級市場交易制度的不合理。流通市場主要是為機構投資者設計的，大部分國債在銀行間債券市場交易，而一般機構和個人不能參與這個市場;國債的交易單位是1000元，對散戶來說門檻較高(美國國債的交易單位是1000美元，但美國勞動力的平均年收入是3萬美元左右，而中國勞動力的人均年收入不到1萬元，因此，中國國值交易單位1000元對散戶來說是過高了一點，我認為，場內國債的交易單位取100元比較合適);有相當部分的國債(憑證式國債、部分附息國債)不能上市交易;不允許外國投資者進入國內國債二級市場;國債交易只有現券和回購兩種，缺乏衍生國債工具;其它債券市場和貨幣市場也不發達，人們還缺乏投資債權融資工具的習慣等。

　　(5)技術服務沒有給“交易第一、效率第一、安全第一”以足夠的支持。銀行間市場的交易模式雖然與交易所不同，采用的是電腦詢價式交易，技術支持與保障卻同樣重要。但是，目前外匯交易中心的詢價交易系統并沒有能決出商業銀行的報價，無法在第一時間向所有交易成員充分揭示各交易品種的最優報價，商業銀行只能憑對市場的了解和經臉通過電話完成詢價過程，實際交易已基本脫離了外匯交易中心前臺的詢價交易系統，前臺交易系統只是起到最終確認的作用，其功能定位沒有能滿足“交易第一、效率第一”保障原則。

　　(6)資金實力較強的機構主要從債券發行或分銷中獲得債券。目前市場中有實力的金融機構及比較活躍的交易成員基本是國債、政策性金融債的承銷商，他們獲得債券的途徑主要是通過在發行市場購買新券。購買新券的成本一般與在二級市場購買已上市債券接近，而購買新券可以獲得發行手續費收入;此外，四大國有商業銀行，資金實力遠遠超過其他金融機構，在債券發行時往往依靠資金實力壓低發行利率來爭取更多承銷量，使同樣品種的債券，在銀行間市場發行往往比在交易所市場發行票面利率更低。

　　(7)一級市場與二級市場未能很好地連接起來。目前大部分國債不能上市流通，使國債的流動性偏低，二級市場也相對落后。幾年前，再回購交易中發生了買空賣空現象，使這種本來有可靠擔保的融資融券行為出現虛假，形成數額巨大的債務鏈。后來經過整頓，買空賣空雖已制止，火爆的國債回購市場卻冷落下去，變成了拆借市場一種有擔保的資金調劑輔助形式，拆借市場不發達使國債回購交易也不發達。

　　(8)國債衍生品市場發展滯后。一是現有回購市場體系不規范，回購市場的活躍程度還遠遠不夠，回購利率在場內受認購新股資金需要影響很大，對貨幣政策的傳導功能比較弱;二是，缺乏規避現貨市場風險的工具。在國債市場中，現貨交易和期貨交易是互相關聯、起互相促進作用的兩個層面，特別是國債期貨作為高級形態的衍生工具，具有套期保值和價格發現的優點，還有助于提高現貨市場的流動性，對于完善國債運作機制，健全國債市場架構是不可或缺的。國債期貨市場的欠缺不利于現貨市場的發展及其流動性的提高。

　　(9)股票融資發展對流動性的影響。