公司制證券交易所是由銀行、證券公司及其他各類公司共同投資人股而建立起的公司法人。公司制的證券交易所一般是盈利性組織，但本身不直接參與證券買賣，在證券買賣中持中立的立場。
會員制證券交易所是以會員協會形式成立，不以盈利為目的的組織。其參加者一般是證券商。一般規定，只有會員及享有特許權的經紀人才有資格在交易所進行證券交易，同時，會員對交易所的責任以其交納的會費為限。會員自制自律，互相約束。因為不以盈利為目的，所以其收取的傭金和上市費用比較低，有利于交易的活躍。我國的深圳和上海證券交易所都是會員制的。
總的來講，公司制證券交易所與會員制證券交易所的主要區別如下：
①公司制證券交易所的參加者為經紀人;會員制證券交易所的參加者為交易所會員。
②公司制證券交易所的場內交易設備由公司自己安排，經紀人不參與;會員制證券交易所的場內交易設備由全體會員共有、共享。
③公司制證券交易所對違約買賣造成的損失有賠償義務，同時也有權向其他違約者請求賠償;會員制證券交易所的一切交易均由買賣雙方自己負責，交易所不負責賠償。
④公司制證券交易所一般向國庫交存營業保證金或建立賠償基金，而會員制證券交易所不用。
⑤公司制證券交易所大部分為盈利性組織，會員制證券交易所采取自治方式，不以盈利為目的。
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